Zakon Ducha Świętego sprowadził do Polski z Wiednia w 1. poł. XIII w. bp krakowski Iwo Odrowąż i osadził na Prądniku (pod Krakowem). Bp Jan Prandota w 1244 r. przeniósł Zakon do miasta, oddając mu parafialny kościół Św. Krzyża, zabudowania szpitalne i gospodarcze oraz odrębne pomieszczenia dla sióstr i braci. Powierzył wspólnocie również parafialny kościół św. Marcina w Biskupicach (k. Wieliczki). W 1282 r. istniał już klasztor w Kaliszu; w 1296 r. bp krakowski Jan Muskata osiedlił duchaków w Sławkowie, a kasztelan krakowski Żegota ufundował dla nich w 1312 r. szpital w Sandomierzu; w XVI wieku założyli duchacy placówkę w Stawiszynie (k. Kalisza), a w XVII w. w Wisznicach (k. Włodawy). Przy klasztorze w Krakowie i prawdopodobnie w Sandomierzu istniało Bractwo Świętego Ducha.
Rozdział 37 reguły nakazywał duchakom jednego dnia w tygodniu szukać po wsiach i ulicach miast chorych, biednych, sierot oraz dzieci porzucane przez rodziców. Jan Długosz w Liber Benefitiorum przy opisie klasztoru duchackiego w Sandomierzu stwierdza, że bracia szpitalni ten przepis reguły zachowywali: “zbierają potrzebujących z całej Ziemi Sandomierskiej; dzieci porzucone zbierają i żywią“. 
Macierzystym klasztorem duchaków był dom krakowski. W 1528 r. Przebywało w nim 30 zakonników. Szpital mógł przyjąć ok. 350 osób, a liczba wychowywanych w nim dzieci dochodziła do 120. Zdrowotnie najsłabsze oddawano za opłatą pieniężną na wychowanie wiejskim kobietom; posagi dla ubogich dziewcząt zabezpieczone były z dochodów żup solnych w Wieliczce. Zarząd szpitala początkowo należał do braci, a dopiero w 1528 r. Rada Miejska Krakowa za pomoc w odbudowie po pożarze mianowała jednego ze swych członków (tzw. prowizorem) do zarządzania gospodarką szpitala w porozumieniu z przełożonym klasztoru i miejscowym biskupem. 
Duchacy polscy należeli początkowo do zakonnej prowincji austriacko-węgierskiej, a pod koniec XIII w. utworzyli prowincję niezależną. Na kapitule 1651 r. pod przewodnictwem generalnego wizytatora z Rzymu (P. Sauniera) zredagowano konstytucje zakonne przystosowane dla polskiej prowincji, które zatwierdził generał. Papież Benedykt XIV wyjął w 1741 r. prowincję polską spod władzy generała i poddał jurysdykcji biskupów ordynariuszy, licząc na ich pomoc dla zakonu. Prowincja polska w 1777 r. liczyła 14 zakonników, a w 1783 r. uległa kasacie. Ostatni polski duchak zmarł w 1820 r. w Krakowie. Świadectwem kultu Założyciela w polskiej prowincji zakonu jest ołtarz pod wezwaniem błogosławionego Gwidona w kościele Ducha Świętego w Kaliszu, obrazy z jego wizerunkiem ozdobione nimbem świętości w kościele św. Krzyża w Krakowie i w kościele Św. Ducha w Sandomierzu. Nie posiadamy niestety dokładnych danych, dotyczących liczebności sióstr na przestrzeni wieków. Wiemy, że liczba ta w wiekach XVII-XVIII wahała się w domu krakowskim między 11-25. Klasztor sióstr zajmował oddzielne skrzydło zabudowań szpitalnych. Znajdował się na przeciwko kościoła Ducha Świętego (obecnie w tych zabudowaniach mieści się państwowe przedszkole i przychodnia zdrowia).
Siostry Kanoniczki Ducha Świętego
W 1763 r. Teresa Bekierska sprowadziła siostry duchaczki do Lwowa. 31.12.1800 r. władze austriackie usunęły siostry w Krakowie z ich własnego klasztoru i przeniosły do budynku przy kościele św. Tomasza. W tej nowej siedzibie przy ul. Szpitalnej 12 w 1812 r. siostry założyły szkołę im. św. Tomasza. W następnych latach Zakon z powodu zamknięcia nowicjatu przestał się rozwijać, w 1846 r. zostały już tylko 2 siostry. W roku 1850 ks. Mateusz Gładyszewicz, administrator diecezji krakowskiej, mając na uwadze zasługi Zakonu dla Kościoła, ojczyzny i miasta otworzył dla sióstr duchaczek nowicjat u sióstr wizytek w Krakowie. Zgłosiło się 5 kandydatek. Przełożoną nowicjatu mianował s. Martę Zalewską, która 27.10. 1851 r. wraz z kandydatkami wróciła do klasztoru św. Tomasza. W nowych warunkach s. Marta zmuszona była przyjąć klauzurę ścisłą, którą zniesiono dopiero w 1919 r. Od roku 1920 zaczęto otwierać nowe domy, zależne od klasztoru w Krakowie. Od tej pory zgromadzenie jest na prawie papieskim. Do chwili wybuchu II wojny światowej działalność sióstr koncentrowała się na szkolnictwie i pracy wychowawczej.
Sióstr Kanoniczek Ducha Świętego jest obecnie ok. 230. Posiadają 23 domy zakonne. Realizując swój charyzmat, prowadzą domy dziecka, domy samotnej matki, przedszkola. Służą chorym w szpitalach i w domach prywatnych, katechizują dzieci i młodzież, pomagają w parafiach. Od 7.02.1980 r. podjęły prace przy parafii Chrystusa Króla w Rzymie, a od 25.03.1981 pracę misyjną w Afryce, w Burundi, w miejscowościach Gatara, Buraniro i Bujumbura, gdzie służą najbiedniejszym. Od 9.12.2006 r. podjęły we współpracy z ks. Romanem Kaźmierczakiem z Towarzystwa Ducha Świętego pracę w pierwszym na Ukrainie Domu Samotnej Matki (Domu Obrony Życia) w miejscowości Pisarówka w diecezji kamieniecko – podolskiej.
Zgromadzenie, na przestrzeni wieków, wydało wiele świątobliwych, pełnych heroicznej miłości Boga i bliźniego, sióstr. Wspomnijmy niektóre z nich: s. Tekla Raczyńska (1738-1790), matka generalna s. Redempta Śledzińska (1921-1978), s. Kolumba Twardosz (1921-1986), s. Emanuela Kalp (1899-1986) (której proces beatyfikacyjny jest w toku).