Kolejnym etapem formacji w Towarzystwie Ducha Świętego jest trwający 6 lat czas  studiów filozoficzno – teologicznych. Polega on na zdobywaniu koniecznej w naszym życiu wiedzy filozoficzno – teologicznej  oraz na posłudze w różnych formach działalności duszpasterskiej i apostolskiej Towarzystwa.

Wyższe Seminarium Duchowne Towarzystwa Ducha Świętego pod wezwaniem Świętego Krzyża znajduje się w Krakowie.  Erygowane zostało 15 VIII 2012 w Uroczystość Wniebowzięcia NMP za zgodą Metropolity Krakowskiego ks. kard. Stanisława Dziwisza przez Metropolitę Gdańskiego ks. abpa Sławoja Leszka Głódzia. Pierwszą siedzibą naszego seminarium był obiekt udostępniony nam przez Polską Prowincję Księży Zmartwychwstańców przy ul. Ks. Pawlickiego 1. Obecnie mamy już własny dom formacyjny w miejscowości Dąbrowa koło Krakowa. Rektorem seminarium jest ks. Wiesław Wiśniewski Moderator Towarzystwa Ducha Świętego.

Towarzystwo Ducha Świętego podejmuje z radością i pełną odpowiedzialnością troskę o całkowitą (ludzką, duchową, zakonną, intelektualną i pastoralną) podstawową formację swoich przyszłych kapłanów zgodnie ze wskazaniami Kościoła, w duchu charyzmatu i tradycji naszej wspólnoty. Wyższe Seminarium Duchowne  składa się z braci profesów, którzy po odbytym nowicjacie podejmują studia filozoficzne i teologiczne.

W życiu wewnętrznym seminarzyści otwierają się na działanie Ducha Świętego, chcąc odtworzyć w sobie tę formę życia ubogiego, czystego i posłusznego, jaką obrał sobie Syn Boży przyszedłszy na świat. Ponieważ proces upodabniania się do Tego, który dla każdego chrześcijanina jest najwyższym ideałem nigdy się nie kończy, dlatego przez okres sześciu lat, a potem przez całe życie, podejmują pracę nad sobą z ufnością i cierpliwością. Temu procesowi służą codzienna Eucharystia, modlitwa, medytacja, kierownictwo duchowe, troska o ducha skupienia i ciszy wewnętrznej.

Wspólnotą seminaryjną kieruje rektor. Bezpośrednio z nim współpracują ojciec duchowny i prefekt studiów. Organem doradczym jest rada seminaryjna powołana spośród braci kleryków. Studia filozoficzno-teologiczne odbywają się na Wydziale Teologicznym Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II w Krakowie, na specjalności kapłańskiej. Nasi klerycy uczestniczą w wykładach razem z innymi klerykami seminariów diecezjalnych i zakonnych.

Celem formacji intelektualnej jest zdobycie przez seminarzystów gruntownej wiedzy filozoficznej, teologicznej, a także pedagogicznej i z zakresu aktualnych problemów. Wysoki poziom wiedzy pomaga im wzrastać w wierze oraz przygotować się do tego, by w przyszłości należycie głosili Ewangelię Życia i Miłości współczesnemu człowiekowi. Podstawowymi środkami zdobywania wiedzy jest: czynny udział w wykładach, ćwiczeniach, lektoratach, seminariach naukowych, warsztatach, a także lektura książek i artykułów oraz pełne wykorzystanie czasu przeznaczonego na studium. Cykl wykładów z duchowości i historii Towarzystwa Ducha Świętego oraz teologii życia konsekrowanego pomaga im w przygotowaniu się do ślubów wieczystych.

Okres formacji seminaryjnej ma na celu wyrobienie w seminarzystach wewnętrznej postawy apostolskiej oraz zdobycie koniecznych umiejętności duszpasterskich. Ważnym elementem przygotowania do przyszłej posługi kapłańskiej jest troska o kształt liturgii w seminarium, a także wyjazdy do placówek duszpasterskich w których realizowany jest charyzmat miłosierdzia na wzór bł. O. Gwidona z Montpellier. Niezwykle ubogacające są spotkania z ludźmi starszymi, chorymi i niepełnosprawnymi, wakacyjna posługa „grupom gwidonowym” oraz różnego rodzaju praktyki duszpasterskie.